春，天主教西南蒙古教区总堂二十四顷地教堂的教民石俭生等率300余名教徒，杀害当地高占年等蒙汉族农牧民9人，抛尸于黄河。此案逐级上报到清朝总理各国事务衙门，总理各国事务衙门通知该教堂交出杀人凶犯，但被拒绝。绥远城将军遣官兵前去捉拿，又遭顽抗不果。
    夏，内地义和团传入内蒙古并发展迅速，各地陆续掀起反洋教斗争。7月，义和团数千人驱逐赤峰地区传教士，焚毁教堂、房屋等设施；丰镇隆盛庄义和团800余人攻占七苏木教堂；萨拉齐厅义和团数千人攻克二十四顷地教堂，生擒石俭生等凶犯和庇护凶犯之西南蒙古教区主教韩默理，遂即处死；托克托、和林格尔等地义和团联合归绥驻防清军、四子王旗蒙古官兵及当地群众，捣毁铁圪旦沟和乌尔图沟两座教堂，杀死传教士3人；阿拉善旗蒙古官兵联合当地反洋教群众，攻占了三盛公及其周围教堂，驱逐传教士15人；伊盟各旗反洋教群众攻打小桥畔、城川、大淖儿、小淖儿等地教堂，提出“上打洋人下打官”的口号。8月，热河地区义和团和蒙汉群众2万多人围攻东蒙古教区总堂松树嘴子教堂，围攻数日不克。后教堂请求侵入我国东北之俄军保护，血腥镇压反洋教群众。在反洋教斗争最激烈的内蒙古中西部地区、杀死外国传教士7人和教民数千人，攻占、焚毁教堂70余座。
    7月，沙俄军队入侵呼伦贝尔，在海拉尔等地与清朝驻军激战，清军不敌，呼伦贝尔被俄军侵占。
    秋，在哲里木盟科左前旗图合木地方，爆发了由蒙古人刚布、桑布兄弟领导的反王公武装起义，在图合木建立据点，聚众数千人。蒙古王公调兵会剿不敌，招抚无效后，便邀俄军协剿镇压了这次起义。

     4月，哲里木盟科左中旗爆发了花里亚逊造反事件。该旗札萨克土谢图亲王兼哲盟盟长色旺诺尔布桑宝因其暴虐残忍，穷奢极欲，全旗上下无不愤慨。家奴出身的王府护卫花里亚逊、属吏花连及兵丁得及得噶拉桑等策动家奴、旗兵造反，色旺诺尔布桑宝携带几名近侍出逃至离王府百余里的一座寺庙中藏身。造反者尾追而至，打死7名近侍，该王在庙中自缢毙命。这是当时震惊东蒙的官逼民反事件。一年后清朝政府特派兵部尚书裕德为钦差大臣专程查办，处死了造反首领花里亚逊等。
    3月，清政府惩处了内蒙古西部地区与反洋教有关的地方官员，归绥道尹郑文钦被处死，归化城副都统被革职，归化城、和林格尔、托克托、宁远等四厅的同知或通判被处以“斩监候”；参与或支持反洋教的达拉特、准格尔、阿拉善等旗札萨克，或被革爵或“传旨申斥”。9月，清政府与外国教会达成教案赔款协议，内蒙古西部各蒙旗总计赔款达70万两白银。反洋教斗争激烈的蒙旗，如达拉特旗赔银37万两，四子王旗11万两、鄂托克旗8.4万两、阿拉善5万两。如无白银支付，便以土地牧场和牲畜偿付。传教士煽动教民对反洋教群众进行各种形式的报复，驱赶杀害非教民，挑起矛盾，制造惨案。
    俄国皇家地理学会派地质队勘查呼伦贝尔的扎赉诺尔煤田，企图抢占该煤田开采权。同时，俄国测量团也进入呼伦贝尔和扎赉特旗，历时6年，测绘1:5万比例尺地形图251幅，面积11万多平方公里。

    1月，慈禧太后和光绪皇帝在从西安返京途中，批准山西巡抚岑春煊为筹赔教款奏请开垦西蒙各旗土地之奏议，并任命兵部左侍郎贻谷为督办蒙旗垦务大臣。
    春，贻谷赴任，在绥远城设督办蒙旗垦务总局，后又设办理察哈尔右翼垦务之丰宁垦务局、办理察哈尔左翼垦务之张家口垦务局；设西盟垦务总局，分管乌、伊二盟之垦务；设绥远城八旗牧场垦务局，专理大青山后山八旗牧场垦务。伊、乌两盟各札萨克官员联名呈文抵制放垦。
    黑龙江将军在其所辖东蒙郭尔罗斯后旗、扎赉特旗、杜尔伯特旗放垦蒙地。吉林将军在所辖郭尔罗斯前旗放垦蒙地。盛京将军在所辖科尔沁6旗陆续放垦蒙地。东蒙垦务全面推行。
俄国在呼伦贝尔扎赉诺尔建成一号矿井，命名为“波尼科夫矿”。1903年开始出煤。
10月，卓索图盟喀喇沁右旗札萨克郡王贡桑诺尔布，在该旗创办崇正学堂，教习蒙汉语文。贻谷创办绥远城武备学堂，以编练新军。
    

    4月，伊盟盟长、杭锦旗札萨克贝子阿尔宾巴雅尔迫于清朝政府的压力，派官员赴绥远城报垦，其他各旗也陆续报垦。但阿王拒不划拨放垦地段，各旗也纷纷效法。乌盟各旗对于光绪皇帝谕旨和理藩院饬令置之不理。
清朝政府在河套设五原厅，在大青山以北设武川厅，在察哈尔右翼四旗设兴和厅和陶林厅，管辖各该地移入之汉族农民。
    11月，归绥道尹朴寿奉部令将古丰书院改为归绥中学堂。贡桑诺尔布郡王又创办了毓正女子学堂和守正武备学堂。近代新式学校开始在内蒙古出现。

    伊盟盟长，杭锦旗札萨克阿尔宾巴雅尔因抵制放垦而被清政府撤销盟长职务，任命积极报垦的乌审旗札萨克察克都尔色楞为盟长，在伊盟全面推行放垦。
伊盟各旗普遍爆发“独贵龙”抗垦斗争，最著名者为乌审旗“独贵龙”群众，焚烧垦务帐目表册，痛打驱逐垦务官员；准格尔旗“独贵龙”更与汉族农民联手，并得到该旗协理台吉丹丕尔的支持。伊盟垦务迟迟不能推行。
    内蒙古东部苏鲁克旗人白音大赉首先发动武装抗垦，在彰武、靖安、洮南一带流动作战；郭尔罗斯前旗台吉出身的陶克陶代表旗民劝阻旗府放垦，结果遭拷打；该旗白音吐斯带领蒙民武装抗垦，被清军捕杀，余众与陶克陶会合，继续抗垦。
    清政府在科尔沁右翼三旗新辟垦区，并设洮南府及靖安、开通等县。
    科尔沁右翼前旗郡王乌泰以全旗矿产牲畜作抵押，从华俄道胜银行借款20万卢布，为偿还债务，到1904年放垦该旗土地60余万垧，以后又放垦30余万垧。
日俄战争爆发，日俄两个帝国主义在中国的土地上打了一场划分东北和蒙古地区势力范围的战争。
    绥远城将军贻谷在绥远城办新式陆军，开办武备陆军学校。并改启秀书院为绥远中学堂。

    夏，贻谷的蒙旗垦务在伊盟受阻后，便派员赴各旗设立垦务局，强行放垦。
    夏，丹丕尔一方面派兵阻垦，一方面与“独贵龙”联合，驱逐垦务官员，捣毁垦务机构。10月，贻谷派清军镇压，丹丕尔亲率武装流动作战，直至年底。
    乌审旗组成12个“独贵龙”，聚众2 000余人，设立总部，坚持抗垦，致使该旗垦务数年无进展。杭锦旗组成13个“独贵龙”，以鸟枪、棍棒打击垦务官员，不久与达拉特旗的“独贵龙”联合抗垦，使垦务难以进行。札萨克旗蒙民在活佛旺丹尼玛的率领下，组成“独贵龙”，驱赶垦务人员。此外，郡王旗、鄂托克旗均组织“独贵龙”抗垦。贻谷的垦务在伊盟再次受挫。
    7月，中国同盟会在日本成立，其国内北部支部下设蒙古分会，负责蒙古等地的党务。
10月，清政府转发左绍佐有关在蒙古改建行省的奏折，要求各地官员“体察情形，通盘筹画”，于是便有各地都统、将军上奏清廷在内蒙古设省。
    冬，蒙古族地方士绅阜德胜在科右前旗索伦创办祥裕木植公司，投入资本1.6万两白银，股东均系当地蒙古人。归绥兵备道胡孚宸创办归化城毛纺工艺局，官方筹银4 000两，商股1 000两，总计资本7 000两，为官商合办性质。喀喇沁右旗札萨克贡桑诺尔布创办该旗综合工厂，织布、染色、织毯、制毡、制肥皂、制蜡烛、制染料等，附设百货商店。
贡桑诺尔布创办蒙汉合璧石印报纸《婴报》，这是内蒙古近代报纸之开端。