1906年	1月，清军继续追剿伊盟准格尔旗丹丕尔的抗垦武装，夜袭丹丕尔阵地豹子塔崔成寨，在激战中丹丕尔被捕，后被押解到归化城，施以酷刑。2月23日凌晨被杀害于回民坟，其尸体运回家乡安葬，首级被贻谷挂于归化城城头示众。     5月，归化城启运书院改为土默特高等小学堂，用满、蒙、汉三种文字授课。 中国同盟会山西会员王建屏、李德懋等人到内蒙古西部地区，在归化城、萨拉齐、包头、后套等地宣传革命，并介绍蒙古族志士云亨、经权、安祥等入会。     8月，乌兰察布盟6旗札萨克联名报垦。 郭尔罗斯前旗陶克陶拉起队伍武装抗垦，辗转流动于科尔沁右翼前、中旗、左翼中旗和扎赉特旗等地，到处袭击垦务人员，强力阻止放垦，打击富商大贾，捣毁垦荒局，并与科右前旗牙什的抗垦武装相联合，以壮大抗垦队伍，东蒙垦务受挫。     归化城出现7家外国洋行，即俄商“隆昌”，英商“仁记”、“聚立”、“平和”、“安利”以及“兴泰”、“新泰”等。
			1907年	1月，满洲里开为商埠。     5月，清政府在东北设置黑龙江、吉林、辽宁三行省。并陆续在呼伦贝尔设呼伦道、胪滨府、呼伦县。     6月，日俄签订密约，将东三省包括内蒙古东部划为北满和南满两部分，北满为俄国的势力范围，南满为日本的势力范围，俄国承认日本在朝鲜的地位，日本承认俄国在外蒙古的利益，这是日俄战争的结果。     夏，黑龙江省继续在扎赉特旗放垦，委派该旗梅林哈丰阿负责垦务，引起蒙古人极大不满。8月，该旗下层官吏卓力克大赉率众三四百人抓获哈丰阿，痛斥其放垦行为，最后处死。 新任东三省总督徐世昌抽调清军入蒙，镇压围剿东蒙抗垦武装与群众，收编匪首，清军统领张作霖率步骑大举进攻白音大赉、陶克陶、牙什等东蒙抗垦武装。
			1908年	4月，西蒙开垦遭蒙古族各阶层反对，丹丕尔被贻谷残杀更激起蒙民愤怒；归化城副都统文哲辉奏参贻谷败坏边局，欺蒙巧取，蒙民怨恨。    5月，清廷派员查办，以贻谷督办垦务有二误四罪为由，革职解京，审讯监追。夏派信勤接任垦务大臣兼署绥远城将军。清廷裁呼伦贝尔副都统，改设呼伦道；添设呼伦直隶厅，辖索伦、新巴尔虎、陈巴尔虎及厄鲁特诸旗牧场；置胪滨府，并添设呼伦贝尔道员、胪滨知府、呼伦、室韦、布西等直隶厅同知、诺敏知县等，呼伦贝尔地方行政实行郡县制。 设东三省蒙务局，朱启钤首任蒙务督办，统筹哲里木盟旗蒙务。     7月，张作霖率清军攻破牙什的堡寨，并追捕杀害牙什、白音大赉等抗垦武装首领。 清廷将赤峰县升格为直隶州，辖新设之开鲁县和林西县。该两县分别管辖扎鲁特左、右二旗、阿鲁科尔沁旗及巴林左、右二旗、克什克腾旗的农垦地区，形成旗县并存的局面。 清廷在呼伦贝尔设边垦局，放垦中东铁路沿线之牧场，并在海拉尔、满洲里设边垦分局，放垦边境卡伦附近地段。此为呼伦贝尔放垦之始。     喀喇沁右旗札萨克郡王贡桑诺尔布向清廷“敬陈管见八条”，主张开设银行，修筑铁路，开采矿山，编练新军，创办巡警，普及教育，颇具革新思想。     北京至多伦诺尔、包头至归化—太原—蒲口—潼关开通邮路。
			1909年	1月，蒙古王公等上层人士在北京创办殖边学堂，分蒙藏两科，学制3年。     清政府邮传部开通北京至库伦（外蒙古）邮政线路，全长2 700余里，每周发邮件一次。     同年分别成立了归绥电报分局、开鲁电报电话局、海拉尔二等邮局、满洲里一等邮局、萨拉齐邮政分局等邮电机构。
			1910年	1月，科尔沁左翼前旗札萨克郡王棍楚克苏隆奏《自强办法》五条。2月，科尔沁左翼后旗札萨克亲王阿穆尔灵圭奏“整顿蒙疆宜先勘修铁路”。     4月，东蒙陶克陶的抗垦武装在张作霖率清军追剿下，逃入俄国境内。     9月，清政府发布政令，全面解除“蒙禁”，废除禁止汉人出边垦殖、禁止蒙汉通婚、禁止蒙人学汉文和取汉名等律条。     10月，阿穆尔灵圭等蒙古王公在北京集资创办蒙古实业公司。     归化至太原电报线路开始架设，设立林西邮寄代办所和电报局、开鲁邮局。