新疆虽然处于内陆干旱地区（80%地区降水在50mm-200mm），但由于新疆西北边境地区有大量的高山成为富集降水和冰川的天然高山水库，降水量在400mm-800mm左右。因此新疆富有大量的水资源，并不是资源性缺水，主要是由于地形等原因，属于工程性缺水。新疆有大小河流570条，地表总径流量达884亿立方米。新疆大于l平方公里的湖泊有139个，总面积5505平方公里，其中大于100平方公里的有11个，湖泊总面积在全国居第四位。新疆还有丰富的冰川资源，冰川储量达25835．7亿立方米，占全国冰川总储量的50％。冰川每年融水量为178．6亿立方米。这样巨大的水资源有待科学合理开发。

    新疆三大盆地（塔里木，准噶尔，吐鲁番）地势相对平坦，光照资源很好，占新疆面积的60%左右。但因为气候干旱和土壤缺水，大部分为非可耕地。通过新疆富水的山区向缺水的盆地进行境内调水工程，相信新疆将成为我国新的大粮仓。

    在准噶尔盆地的吉尔班通古特沙漠的北部就有喀纳斯湖(比著名的博格达天池整整大10倍)，喀纳斯河，额尔齐斯河，布尔津河，乌伦古湖（新疆第二大淡水湖，面积730平方公里），吉力湖（165平方公里），乌伦古河，具有巨大的水资源，可以供下游的准噶尔盆地的吉尔班通古特沙漠等地利用。虽然1969年凿通了额尔齐斯河与乌伦古湖之间的分水岭，修建了引额济湖渠道工程，每年可引1.85亿立方米水量注入乌伦古湖。但同时额尔齐斯河还有大量的水资源白白流到国外，直至北冰洋。在吉尔班通古特沙漠的西边，还有玛纳斯河水资源可以利用，克拉玛依石油城就是靠这条河流快速发展。特别是对乌伦古河流域水资源的开发，对于解决吉尔班通古特沙漠的干旱缺水和准噶尔盆地周围农业发展有重要意义。农业部发布的全国农业和农村经济发展第十一个五年规划(2006—2010年)已明确指出，要重点开发新疆北部地区，重点解决农田灌溉用水问题，建设我国粮食战略接替区。

    对于塔里木盆地的塔克拉玛干沙漠，塔里木河是我国最长的内陆河，流域面积102万平方公里，涵盖了我国最大盆地—塔里木盆地北缘的绝大部分，是保障塔里木盆地北缘绿洲经济、自然生态和各族人民生活的生命线。有资料表明，黄河流域每年有580亿m3的水资源量，却养育了１亿多人口；新疆塔里木河每年有400多亿m3的水资源，却只养育了1000多万人口。因此,与黄河相比，塔里木河并不是资源性缺水,而是工程性缺水。

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